После патриаршей службы  15 мая 2004 года Святейшим Патриархом Алексием и  главой Русской Зарубежной Церкви митрополитом  Лавром была произведена закладка нового каменного храма. Первый эскизный проект церкви принадлежит Андреем Тутуновым. Архитектурный проект  храма разрабатывался  Михаилом Кестлером, под эгидой фирмы «АРХРАМ».

Новый храм – это храм-памятник со сложной символической программой. Неповторимый облик храма создают пять шатровых  куполов со световыми барабанами. Нижний  этаж храма посвящён переживанию страданий новомучеников, «Церкви Воинствующей», поэтому в притворе храма на стенах можно увидеть предсмертные фотографии пострадавших в Бутове. Под этими снимками, на двух витринах размещены вещи, изъятые из погребального рва во время раскопа 1997 года. Это обувь, отдельные детали одежды, резиновые перчатки, гильзы и пуля. Рядом находится  реликварий, в котором хранятся вещи священномучеников, пострадавших на Бутовском полигоне. По стенам храма размещена 51 икона бутовских святых по дням расстрелов. Эти иконы святых образуют своеобразный минейный ряд бутовских новомучеников, в календарной последовательности. На двух западных столбах помещены шесть икон иерархов, пострадавших в Бутове во главе с митрополитом Серафимом (Чичаговым). Центральный придел нижнего храма, по благословению Святейшего Патриарха, посвящен Державной иконе Божией Матери. Правый придел освящен  во имя сщмч. Серафима, митрополита Санкт-Петербургского. Левый придел - в честь святителя Иоанна Шанхайского. Над царскими вратами центрального предела помещена икона Спасителя, которая принадлежала сщмч. Сергию Кедрову, убиенному в Бутове. Иконостасы, включая сами иконы и киоты, создали мастера Свято­-Троицкого братства г. Щигры.