Территория захоронений бывшей спецзоны НКВД «БУТОВО» оставалась режимным объектом и охранялась вплоть до 1995 г. Однако уже в 1991 г. были найдены и рассекречены акты о приведении в исполнение приговоров «троек» и «двоек» по Москве и Московской области. Внутреннее расследование органов госбезопасности позволило установить, что 20762 человека были расстреляны в Бутове. В 1993 г. Управление МБ по Москве и Московской выдает справку о признании «Бутовского полигона» местом казней 30-50 –х гг. В заключении, подписанном руководством МБ, предлагалось «считать, что граждане, безвинно расстрелянные в г. Москве в 1936— 1953 гг. по политическим, национальным и религиозным мотивам, в отношении которых в архивных материалах ЦА МБ и УМБ по г. Москве и МО отсутствуют сведения о местах захоронения, погребены, вероятнее всего, на территориях в районах подмосковного пос. Бутова или совхоза “Коммунарка”». Большую роль в изучении расстрельных списков играла в те годы Комиссия по восстановлению прав необоснованно репрессированных, которая существовала при Моссовете с 1991 г. Под ее эгидой была создана общественная группа по увековечению памяти жертв политических репрессий во главе с бывшим узником ГУЛАГа Михаилом Миндлиным. Одной из главных тем работы группы было изучение рассекреченных документов, связанных с расстрелами на Бутовском полигоне. По инициативе группы и общественных активистов 7 июня 1993 г. впервые группа родственников и сами члены группы посетили территорию Бутовского полигона. Спустя еще пять месяцев, 10 октября того же года, по инициативе группы, с помощью благотворителей и заинтересованных лиц, при поддержке московских властей, состоялось открытие мемориального камня в южной части Бутовского полигона. На стеле из красного гранита была выгравирована надпись: «В этой зоне Бутовского полигона в 1937 – 1953 гг. были тайно расстреляны многие тысячи жертв политических репрессий. ВЕЧНАЯ ИМ ПАМЯТЬ». Вокруг памятника позднее был оформлен небольшой участок территории, поставлены скамейки, сделана отмостка, посажены голубые ели. Это место традиционно используется для проведения светских поминальных церемоний.
В 1995 г. земля Бутовского полигона была передана приходу строящегося храма Новомучеников и Исповедников Российских.