В начале 1930-х гг. конный завод был закрыт, жители выселены, конюшни переоборудованы под тюремные помещения. В 1934 г. остатки усадьбы и конного завода вошли в состав созданной Хозяйственным управлением НКВД хозяйственной спецзоны. Западная граница спецзоны проходила вдоль Варшавского шоссе, между деревней Бутово и Ново-Никольское, южная граница - по левому берегу реки Гвоздянки от деревни Ново-Никольское до впадения в неё слева безымянного ручья чуть выше деревни Боброво; северо- восточная граница шла по безымянному ручью и далее через лес к Расторгуевскому шоссе.
В середине 30-х гг. Хозяйственным управлением НКВД в Подмосковье было создано несколько спецзон, по сути ведомственных совхозов, в которых широко использовался труд заключенных. Территория двух из них была выбрана для захоронения жертв политических репрессий в 1937-1938 гг. : в районе поселка Бутово и на территории совхоза «Коммунарка». С 1934 г. на территории Бутовской усадьбы на площади около 6 га оборудовали стрелковый полигон (при общей площади спецзоны более 2 кв. км). Местным жителям сообщили, что поблизости от их деревень будут производиться учебные стрельбы. Так возник сам топоним "Бутовский полигон". Всего с 8 августа 1937 по 19 октября 1938 здесь были расстреляны 20762 человека. Первый расстрел по этим приказам на Бутовском полигоне произведен 8 августа 1937 г. Внутри огромной, более 100 га, территории спецзоны, место для расстрелов не нуждалось в особом режиме и было огорожено только лишь колючей проволокой. Однако в 1957-м году спецзона была расформирована. По краям полигона возникает дачный посёлок руководящего состава КГБ. Для сохранения тайны хозяйственным управлением КГБ в шестидесятые годы вокруг территории захоронений был установлен глухой деревянный забор на бетонных сваях с натянутой поверх колючей проволокой. Территория внутри этого периметра постоянно охранялась вооруженными сотрудниками госбезопасности. Осенью 1995 года территория полигона была передана Русской Православной Церкви. Постановлением Правительства Московской области №259-28 от 09.08.2001 г. по ходатайству Московской Патриархии памятное место “Бутовский полигон” было объявлено памятником истории и включено в государственный список недвижимых памятников истории и культуры местного значения.
Хотя деревянные конструкции забора время от времени поновляются и сейчас, этот забор остается важным элементом визуального образа и одним из символов памятника истории Бутовский полигон.