1 июля 1918 года епископ Феофан за всенощной произнёс слово по поводу ареста и убийства в Усолье большевиками священника Михаила Накарякова, после чего отслужил по нему панихиду.

За службой поминал его как священномученика. Затем он позвал к себе сына отца Михаила — Николая, служившего диаконом в Троицкой церкви Перми, и сказал: «В память отца-мученика будешь рукоположен в сан священника. Иди вслед за отцом».

По свидетельству архимандрита Хрисанфа (Клементьева), именно этот случай послужил поводом для большевиков начать преследование епископа Феофана.

24 декабря 1918 года, за несколько дней до занятия Перми войсками адмирала А. В. Колчака, был казнён большевиками.

Перед смертью подвергнут изощрённым мучениям. Чекисты раздели епископа донага и в тридцатиградусный мороз многократно погружали его в ледяную прорубь реки Камы.

Тело владыки покрылось льдом толщиной в два пальца, но мученик всё ещё оставался жив. Тогда палачи его просто утопили. Вместе с ним были утоплены два священника и пять мирян.

Причислен к лику святых Русской православной церкви в 2000 году.