Музей памяти пострадавших размещается в воссозданном флигеля усадьбы Бутово. Это выявленный объект культурного наследия в составе памятника истории «Бутовский полигон». Изначально усадьба называлась Дрожжино. Ее история прослеживается с далекого XVI столетия. Первым известным владельцем этих мест был боярин Андрей Дрожжин, в начале XVI столетия перешедший на службу к великому князю Московскому и государю всея Руси Василию III из Польско-Литовского государства. Позже, когда на высоком берегу речки Изводни, которая потом именовалась Гвоздней, а теперь называется Гвоздянкой, возвели церковь во имя святых бессребреников Космы и Дамиана, село стало в документах называться «Космодамианское, Дрожжино тож». Вероятно, часть села стояла на левом берегу реки там, где теперь осталось местное кладбище. При царе Иване Грозном хозяином здесь был земской боярин Федор Михайлович Дрожжин, ставший вместе с известным боярином Иваном Петровичем Федоровым жертвой опричнины в 1568 г. После казни Ф.М. Дрожжина его деревня была «отписана на Великого Государя» к конюшенной Домодедовской волости. С наступлением Смуты Космодамианское было полностью разорено и запустело, храм также не сохранился. Бытует легенда, что церковь, ушла под землю. В 1773 г. Дрожжино в примечаниях к Планам генерального межевания описывалось так: «...сельцо Дрожжино, 18 дворов, 48 мужчин и 84 женщины, принадлежат жене генерал-поручика Леонтия Михайловича Карабанова Аграфене Алексеевне, общее с поручицей Алябьевой. Расположено при речке Гвоздне на правой стороне. Речка в самых мелких местах в летнее жаркое время глубиною бывает в поларшина, шириною в сажень. В сельце госпожи Алябьевой деревянный дом. Земля серая. Из посеянного на ней хлеба лучше родится рожь и овес, а пшеница, ячмень и сенные покосы - посредственно... Лес березовый, осиновый и еловый. К строению годный, в 4 и 5 вершков, вышиною от 4-х до 6-ти сажень, в них звери: волки, лисицы и зайцы; птицы: тетерева, куропатки, дрозды и скворцы. Крестьяне состоят на издольи, землю на помещика пашут по 60 десятин, а промышляют хлебопашеством, к чему они радетельны. Землю всю запахивают. Женщины сверх полевой работы прядут лен, посконь и шерсть, ткут полотна и крестьянские сукна для своего употребления».
В 1812 г. сельцо с 19 дворами и 87 жителями приобрел Алексей Иванович Арсеньев (1765-1820) –российский государственный деятель, действительный статский советник. С 29 декабря 1809 года по 13 октября 1813 года он занимал пост вице-губернатора Москвы, принимал активное участие в восстановлении столицы после пожара 1812 года. Умер в Москве 25 апреля 1820 года в возрасте 55 лет. Проживая в Дрожжине, Арсеньев у сельца на левом берегу реки на возвышенности (в честь него прозванной «Алексеевской горой») построил для семьи двухэтажный деревянный дом, украшенный террасами и резным карнизом; рядом с домом был разбит живописный липовый парк, спускавшийся к искусственным прудам. Вскоре после смерти Алексея Ивановича имение в 1824 г. продали за 20 тысяч руб. княгине Марии Семеновне Урусовой. В середине XIX века Дрожжино владели статская советница Александра Алексеевна и Анна Ильинична Мельгуновы. В сельце тогда числилось 22 двора в которых проживали 111 мужчин и 119 женщин.
В 1890 г. усадьба попала в собственность к купцу 1-й гильдии и потомственному почетному гражданину Николаю Макаровичу Соловьеву, за год до этого основавшему здесь конный завод. Однако за долги завод в 1911 г. был продан. И завод и имение Дрожжино приобрел представитель известного рода купцов-промышленников Иван Иванович Зимин. Зимины были старообрядцами-беспоповцами федосеевского толка. В значительной степени на их средства содержалась старообрядческая церковь на Преображенском кладбище в Москве. Там же находился некрополь Зиминых — два больших участка. Из всех представителей этого купеческого рода больше всех оказался связан с усадьбой Дрожжино Иван Леонтьевич Зимин. Он не сделал карьеры в текстильном деле, а наоборот, достаточно быстро промотав наследство, разорился и работал в театре у своего дяди С. И. Зимина в качестве администратора. Здесь он познакомился со своей второй женой - известной оперной певицей Софьей Ивановной Друзякиной (урожд. Менцер), которая оставив ради новой любви своего первого супруга, вместе с тремя приемными детьми, переезжает в Бутово. По мнению современников, она «обладала исключительной музыкальностью и драматическим талантом». Ее лирико-драматическое сопрано красивого тембра и широкого диапазона звучало на сценах лучших оперных театров Киева, Харькова, Москвы, Петербурга. Она не раз пела с Ф. И. Шаляпиным.
При Иване Леонтьевиче Зиминский конный завод процветал. Выращенные здесь лошади неоднократно побеждали в соревнованиях. В 1922 г. кобыла Брысь выиграла главный приз Дерби, а в 1929 г. ту же награду завоевал конь Летучий Голландец.
С началом Первой мировой войны Зимины уходят на фронт. Иван Леонтьевич, был ранен и награжден Георгиевским крестом IV степени за то что, будучи прапорщиком первым ринулся в атаку на вражеский окоп и решил тем исход боя. Награду свою он принял из рук Государя Николая Александровича так же как и пожалование в личное дворянство. После ранения Иван Леонтьевич Зимин возвращается в Дрожжино. В 1918 г. имение Дрожжино, как и все частные владения в округе, было национализировано. Иван Леонтьевич был оставлен в Бутове в той же должности, что и прежде, — в качестве управляющего конным заводом, который теперь стал назывался сельхоз «Зиминское». Он был в десятке лучших конных хозяйств страны. Но в 1930 г. Ивана Леонтьевича обвинили в том, что он «не утвердился на позициях социалистического хозяйствования». Зимина сняли с ответственной работы и выселили из Бутова. Конный завод после увольнения Ивана Леонтьевича был расформирован. На территории Бутовского конезавода устроили так называемое «трендепо» для объездки «ремонтных» лошадей для кавалерийских частей Красной армии и обучения красноармейцев. После передачи земель усадьбы НКВД, в этом здании в 1930-е гг. размещалась комендатура Бутовской спецзоны. Одно время часть помещений здания было отдано под дом отдыха выходного дня для руководящего состава МГБ СССР. В пятидесятые годы здание усадебного флигеля было передано местному детскому саду. После его закрытия владельцем оказалась детская спортивная школа города Видное. В 2007-м году здание было передано приходу после разрушительного пожара в руинированном состоянии. На средства прихода здание было фактически восстановлено в процессе научной реконструкции. Внутри были созданы интерьеры "на начало XX века".
Уже с 2010 г. было принято решение начать разработку полноценного музейного проекта.
Общая площадь части здания, отведённой под постоянную музейную экспозицию, составляет около 150 квадратных метров. Здесь в настоящее время разместились семь залов. 1 июля 2018 г. были открыты первые пять залов музейной экспозиции. В здании музейного флигеля также функционирует лекционный зал, оснащенный презентационным оборудованием. Кроме конференций и лекций в этом зале проходят очень популярные музыкальные вечера. Работы по созданию Музея Памяти пострадавших осуществляются приходом храма Новомучеников и Исповедников Российских на собственные средства и на частные пожертвования.
О здании Музея Памяти пострадавших в Бутове рассказывал руководитель музейного проекта Гарькавый Игорь Владимирович