На заседании Священного Синода 4 мая 2017 года имя священномученика Александра Флегинского было включено в Собор новомучеников и исповедников Церкви Русской с установлением особого дня памяти 6 апреля (журнал № 27).
19 сентября 2017 года на Всесвятском кладбище г. Краснодара состоялось обретение святых мощей иерея Александра Флегинского, при котором присутствовали член Синодальной комиссии по канонизации святых, настоятель храма Новомучеников и исповедников Российских в Бутове г. Москвы протоиерей Кирилл Каледа, секретарь Екатеринодарского епархиального управления протоиерей Илия Быстров, председатель комиссии по канонизации святых Екатеринодарской епархии иерей Андрей Небавский, члены комиссии по канонизации святых Екатеринодарской епархии, а также представители администрации Всесвятского кладбища и Следственного управления Следственного Комитета России по Краснодарскому краю, судебно-медицинский эксперт.