Священномученик Василий родился 12 января 1895 года в Москве в семье служащего Дворцового управления. Он был пятым из шести детей. Семья Надеждиных состояла в приходе Покровской церкви в Большом Левшинском переулке.
Василий с четырнадцати лет пел в церковном хоре, а впоследствии и регентовал, организовав хор из прихожан. В 1910 году по окончании Заиконоспасского духовного училища он поступил в Московскую духовную семинарию. После окончания он поступил в Московскую духовную академию.
Из-за вызванного первой мировой войной тяжелого экономического положения осенний семестр 1916/17 учебного года закончился 1 ноября, а весенний должен был начаться лишь 20 февраля. В конце февраля для продолжения учебы Василий возвратился в Сергиев Посад. Это были первые дни революции. Известие об отречении императора Николая II от престола и образовании республики многими студентами академии было встречено с ликованием. Однако Василий Федорович, разделявший общее оживление из-за наступивших в России перемен, писал: «Бог даст, республики и не будет. Она нам мало к лицу».